مطابق ماده ۲۴۴ قانون مالیاتهای مستقیم، مرجع رسیدگی به کلیه اختلافات مالیاتی، جز در مواردی که ضمن مقررات این قانون مرجع دیگری پیش‌بینی شده، هیأت حل اختلاف‌مالیاتی است.هر هیأت حل اختلاف مالیاتی از سه نفر به شرح زیر تشکیل خواهد شد:بر اساس تبصره ۱ ماده صدر الذکر، رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی به اکثریت قطعی است و نظر اقلیت باید در متن رأی قید گردد و در صورتی که عضو موضوع بند ۳ مرقوم معرفی نشود و یا بااطلاع از تشکیل جلسه هیأت غیبت نماید، هیأت با حضور دو عضو دیگر به پرونده رسیدگی و رأی صادر خواهد کرد. در صورت‌اختلاف رأی بین دو عضو نامبرده پرونده به هیأت حل اختلاف مالیاتی دیگری ارجاع می‌شود و در هر حال رأی صادره قطعی است.طبق تبصره ۲ ماده مذکور وزارت امور اقتصادی و دارایی می‌تواند رسیدگی به پرونده مالیاتی را به هیأت حل اختلاف مالیاتی شهرستانی که محل فعالیت عمده مؤدی در آنجا می‌باشد ارجاع نماید.با عنایت به ماده ۲۴۶ قانون مالیاتهای مستقیم، اوقات رسیدگی هیأت حل اختلاف مالیاتی در مورد هر پرونده باید به مأمور تشخیص مربوط و مؤدی ابلاغ گردد. فاصله تاریخ ابلاغ و‌روز تشکیل جلسه رسیدگی به هیات نباید کمتر از ده روز باشد مگر به درخواست مؤدی و موافقت واحد مربوط.با توجه به تبصره ماده مذکور، عدم حضور مأمور تشخیص مربوط یا مؤدی یا نماینده او مانع رسیدگی هیأت و صدور رأی نخواهد بود.
