در خصوص بند ۱:

در دستورالعمل سابق، طریقه اعتراض مؤدی به برگ تشخیص مالیات یا برگ اعلام نتیجه رسیدگی یا برگ مطالبه/ استرداد صادره، به مراجعه به پنجره واحد خدمات الکترونیکی سازمان امور مالیاتی کشور به نشانی www.tax.gov.ir محصور گردیده بود. 

مطابق اصلاحیه دستورالعمل مذکور، چنانچه مؤدی نسبت به هر یک از اوراق مذکور معترض باشد،  میبایست ظرف ۳۰ روز از تاریخ ابلاغ، با ارائه دلایل و اسناد و مدارک، کتباً از اداره امور مالیاتی تقاضای رسیدگی مجدد نماید که مراجعه از طریق سامانه فوق، یکی از طرق ثبت اعتراض میباشد. 

مطابق دستورالعمل سابق، مؤدی هم زمان با ثبت  اعتراض، می بایست نماینده موضوع بند ۳ ماده ۲۴۴ قانون مالیات های مستقیم را انتخاب می نمود. 

بر اساس اصلاحیه دستورالعمل یاد شده، مؤدی در تعیین یا عدم تعیین نماینده خود، جهت شرکت در جلسات هیئت حل اختلاف مالیاتی، همزمان با اعتراض به برگ تشخیص یا مطالبه مالیات، اختیار دارد. 

درخصوص بند ۳-۱:

مطابق دستورالعمل سابق، درکلیه موارد اعم از حضوری و یا غیرحضوری، درصورتیکه نظر مسئولان مربوط در خصوص عدم پذیرش اعتراض، مورد قبول مودی باشد، وی تنها می‌توانست قبولی خود را در مهلت قانونی تنها از طریق سامانه اعلام نماید. 

 با توجه به اصلاحیه مذکور:

در موارد برگزاری جلسات حضوری با مؤدی، مراتب پذیرش وی اخذ و در سامانه ثبت و بارگذاری می‌شود.

در موارد برگزاری جلسات بدون حضور مؤدی، اعلام قبولی وی در مهلت مقرر، از طریق سامانه اعلام می‌گردد. 

در خصوص بند ۳-۲:

در دستورالعمل سابق، درکلیه موارد اعم از حضوری و یا غیرحضوری، درصورتیکه نظر مسئولان مربوط، تعدیل درآمد/مأخذ مشمول مالیات بود، میبایست مراتب را از طریق سامانه به اطلاع مؤدی برسانند و مؤدی مکلف بود مراتب پذیرش یا عدم پذیرش خود نسبت به درآمد/ مأخذ مشمول مالیات تعدیل شده را، در مهلت مقرر از طریق سامانه به اطلاع اداره امور مالیاتی برساند.

 با عنایت به اصلاحیه دستورالعمل مذکور، چنانچه نظر مسئولان مربوط تعدیل درآمد/مأخذ مشمول مالیات باشد:

در صورت برگزاری جلسه حضوری، ضمن درج نتیجه رسیدگی مجدد در سامانه، مراتب پذیرش یا عدم پذیرش مؤدی را از وی اخذ و در سامانه ثبت و بارگذاری می‌نمایند.

در صورتی که جلسه رسیدگی مجدد بدون حضور مؤدی برگزار گردد، نتیجه رسیدگی مجدد انجام شده می‌بایست توسط مسئولان مربوطه در سامانه ثبت و از طریق پیامک به اطلاع مودی برسد تا مؤدی مراتب پذیرش یا عدم پذیرش خود را نسبت به درآمد/ مأخذ مشمول مالیات ناشی از نتیجه رسیدگی مجدد مضبوط در سامانه ثبت و در مهلت مقرر از طریق سامانه به اطلاع اداره امور مالیاتی برساند.